¿Qué tipo de relación hay entre las tablas, uno a varios, uno a uno....?
Si es uno a uno, no tiene sentido tener dos tablas, salvo si estas son enormes, para dividir los datos. Podrías tener todo en una sola tabla y utilizar consultas para recuperar los datos.
Si tienes una relación "uno a varios" tampoco tiene mucho sentido rellenar o borrar todo el registro de la consulta, ya que eliminarías la tabla principal y por ende, si tienes activada la integridad referencial, te cargarias todos los registros relacionados.
Explica un poco que almacena cada tabla y como las usas, para ver cual es la mejor solución.