WAD es un archivo que usa nintendo para instalar cosas en la wii (updates de los juegos).
El homebrew usa el archivo WAD porque es el que era más practico o vete tu a saber. El instalador del HBC en realidad no usa el formato wad, sino que el solito mete el contenido a la consola y por eso es totalmente legal (por eso y porque todo el contenido esta desarrollado desde 0, y no aprovechando material con copyright como todos los demas canales de homebrew existentes).
Un wad no instala canales, sino contenido, y los canales son contenido al igual que los IOS, de ahi que puedas instalar ambas cosas con la misma aplicacion.
Sobre los IOS:
Cada firmware utiliza un IOS de base, el cual contiene las intrucciones para interactuar con la wii. El firm 3.4 utiliza el IOS 51. En la wii caben 255 IOS, por lo que los custom IOS se instalan en ese numero (ya que nintendo va de menor a mayor numerando).
Las aplicaciones pueden utilizar un IOS concreto (en realidad cada juego utiliza siempre el mismo IOS), por eso el cIOS puede estar instalado sin interferir para nada en la wii, ya que solo lo utilizan las aplicaciones echas para ello (como las ultimas de waninkoko y el backup loader).
El problema de actualizar a 3.4 es que no solo instala el nuevo menu del systema y el ios51, sino que instala todos los IOS anteriores pero en su version parcheada, con lo que desaparece el bug trucha. Por eso en lugar de actualizar a 3.4 existe una aplicacion que instala el IOS51 y el nuevo canal tienda (que utiliza el IOS51).
La wii continua estando en el firmware anterior, pero los juegos y aplicaciones que utilizen el IOS51 podran funcionar normalmente, ya que este esta instalado.
Espero que se entienda mas o menos la idea, por favor corregidme/añadid lo que creais necesario, a mi tambien me interesa conocer bien el tema.