Pues yo tenía el mismo problema pero buscando y buscando encontre la solucion.
En el menu de configuracion del Pad ahi varios tipos de configuracion, uno es el que asigna las teclas del teclado a los botones del emulador, y el otro es el que asigna los botones del emulador al mando de nuestra X-Box.
Lo primero que hice fue configurar los botones del teclado que se usan en la mayoria de juegos de DOS (Alt, Crtl, Espacio, Shift, etc) en los botones libres del emulador, despues esos botones se los asigne a los botones del mando de la consola y eureka a jugar como es debido. (Cabe resaltar que el emulador por defecto esta configurado para automatizar el gamepad del PC al de la Xbox, es decir, que el emulador no toma tu mando como teclado sino como mando de PC, por eso toca configurar los botones del teclado y las flechas de movimiento en los botones del emulador)
Espero que te sirva de ayuda yo tengo la version 12 y me funcionan totalmente los juegos, el Larry, el prince of persia, tyrian entre otros.