Hola Compañero...
Intenta hacer esto:
Copia la carpeta SAVEDATA en el PC (escritorio mismo), formatea la MS con la PSP (ya se que pierdes todo, incluido backups de juegos) y vuelves a copiar de nuevo la carpeta SAVEDATA a la MS, te tendria que funcionar bien.
Una cosa parecida nos ha pasado a muxos, y es cuando cambias de las Ver. 3.x a superiores, cambian carpetas dentro de MS0\PSP. Ej: de la version 3.x dentro de MS0\PSP esta la carpeta 3xx para la carga de homebrew, la version 5.x la carpeta cambia a MS0\PSP esta la carpeta 500. Este tipo de cambios hace que no se reconozcan la carpeta ISO de la raiz de la MS y la carpeta SAVEDATA de MS0\PSP\SAVEDATA.
Haber si con esto se te soluciona, yo tambien teno una gran coleccion de SAVEDATA y las tengo desde la Version 3.03 OE y me funcionan todas ahora con la 5.00 M33-6.
Saludos...