te comento te posibles parámetros que hayan podido joder el arranque, simplemente por el cambio que se ha producido al actualizar la bios:
1. Boot, mira a ver que tengas activado el HD como booteable en las prioridades de boot. quizás se te haya desactivado al actualizar, por mucho que solo tengas 1 disco duro conectado, puede que esté desactivado en el arranque.
2. Activar la interfaz de controlador host avanzada (AHCI), puede que lo tuvieses antes en ese modo y se te haya puesto en IDE con la actualización (o viceversa). Esto suele dar problemas de inicio, aunque NO de reconocimiento del HD, por lo que tiro mas para la opción 1.
3. Modo de BIOS. Para las nuevas placas suelen estar en UEFI, y si se cambia de modo, ya sea UEFI o BIOS (tradicional). Éste cambio da errores al arrancar windows, se soluciona entrado en modo prueba de errores, pero nuevamente creo que es la opción 1.
La mejor configuración es: AHCI + UEFI, y configura ese orden de arranque de los discos.
Un saludo.