Gracias por las respuestas, al final, ayer por la noche resolví el problema. Voy a hacer un resumen de lo que pasaba por si le ocurre a alguien.
A pesar de que había cambiado correctamente los parámetros de grub, cuando actualizamos con Yum el kernel, al final hace automáticamente un mkinitrd para crear una imagen initrd que arranca con el kernel. Esta imagen es un disco virtual en la ram donde se cargan los drivers básicos para poder ejecutar el arranque, entre otro los drivers de acceso a sistemas de archivos. Cuando actualizas con yum, el mkinitrd coge los drivers de modules.conf, y como al hacer la actualización los drivers que hay son los de fc6 PATA tradicionales, al arrancar con el nuevo Kernel de fc7 y los drivers viejos son los que están en el initrd. Con estos drivers no puede encontrar los "nuevos" sistemas de archivos sdaX sdbX, y peta.
Solución: Tras arrancar con el disco de recuperación de fedora 7, montamos en lectura/escritura el sistema de archivos raiz (en mi caso sdb5, que anteriormente era hdb5) en /mnt/sysimage (o el que más rabia os de). Después hacemos
chroot /mnt/sysimage
para que el directorio raiz de trabajo pase a ser el que hemos montado. Posteriormente creamos el initrd de nuestro kernel fc7 que está en la carpeta /boot/. En concreto es un archivo initrdXXXXX.img con XXXXX el nombre de nuestro kernel (acabará en fc7). Para ello, hacemos una copia de seguridad de nuestro initrdXXXXX.img original y lo borramos, después ejecutamos el comando:
mkinitrd initrdXXXXX.img XXXXX
Con XXXXX en número de nuestro kernel (vmlinuz) que acabará en fc7. Así ya hemos creado un initrd en el que están los nuevos drivers, y si los nombres de nuestro grub.conf (menu.lst) ya han sido cambiados anteriormente, al reiniciar (hacer exit dos veces) voilá, todo funcionará perfectamente, y por fin recupero mi viejo fedora, que ahora es 7.
La verdad es que no se si lo he terminado de dejar claro, pero si alguien tiene alguna vez este problema, que pregunte en este hilo y lo intentaré explicar mejor.
OFFTOPIC: Acabo de descubrir que fedora 7 viene con ntfs-3g, que permite lectura y escritura en NTFS estable y con buen rendimiento. Resulta que salió la versión estable en febrero y yo sin saberlo!!! Estoy desactualizado...