No tiene nada q ver el flaseo con la version del kernel q tengais, cuando la flaseais actualizais el firmware del lector y no se toca el kernel para nada.
Por otro lado, si actualizas el kernel lo unico q perderás de momento será poder ejecutar codigo casero cuando la scene empieze ha avanzar. Claro esta q dependerá de la version del kernel q tengas ya instalada puesto q igual actualizastes alguna q no tenga el bug q nos permitirá ejecutar dicho codigo.
Un saludo