No lo eh intentado pero pienso es asi:
ejemplo con pokemon Y:
1.- Decifrar la rom de pokemon con rx-tools.
2.- Extraer los archivos con el pack de Asia81 (Romfs, Exefs y Exheader)
3.- Editar las texturas, Moldelos o lo que quieras hacerle.
4.- Compilarlo.
5.- Pasar el Archivo "Romfs.bin" a la dirección que dice en la SD.
Correr el juego.
bueno creo seria asi... pero no estoy seguro.. mas tarde le intentó.