Hardware privativo, cerrado y encima sin multiplataforma en sus "herramientas". No esperes mucho más de él. Tu puedes mirar de ser libre con tu PC pero si tu hardware no es libre, malo. Y Apple es cerrado, cerrado.
Creo que rhythbox sincronizaba bien con iphone, pero tenias que instalar las librerías que te han comentado, libimobiledevice. Estaban en repositorios o hay algún ppa.
PD: Se que la entrada suena "borde", imagino que estan encantado con tu iphone y no pretendo que lo cambies por nada, pero los dispositivos de Apple son totalmente cerrados. Si fuera por ellos solos se podrían usar en donde ellos quieren. No culpes a Ubuntu, Linux o el Software libre de tu decisión de comprar hardware cerrado.