Bueno, pues esta noche lo he dejado actualizando y cuando llegó al paquete 80 (de 400 y pico) se quedó pillado.
Ahora tengo todo el sistema quejándose porque no encuentra libexpat (estoy escribiendo desde IExplorer con wine xD).
Así que, para los que algún día se les ocurra pasarse a ~x86, que actualicen primero dev-libs/expat a una versión igual o mayor a la 2.0.0 y hagan revdep-rebuild, que cambió toda la abi de expat y cuando se actualice van a ver que no funciona casi nada.
Menos mal que dejé gnome y el amarok abiertos, que si no estaría todo el día en consola sin poder hacer nada.
Un saludo