Se me ocurre que puedes desinstalar VirtualBox (no te cargues las máquinas virtuales que hayas creado), actualizar el kernel hasta la última versión y después reinstalar VirtualBox para que vuelva a construir el módulo para el nuevo kernel.
Si usas drivers propietarios de Nvidia o ATI también tendrás que reinstalar sus módulos para el nuevo kernel.
En cuanto a Compiz Fusion no sé qué decirte porque en los repositorios sólo me aparece Compiz y ni siquiera lo tengo instalado. ¿Cómo instalastes Compiz Fusion en tu Lenny? Imagino que tendrás que volver a hacerlo de nuevo para tu nueva Sid.