Primero guarda tu carpeta UserData que es dónde tienes tu configuración.
Luego, en lugar de borrar la carpeta Dashboard, prueba a instalar la última de T3CH, y después sobreescribe la nightly build encima.
Si no instalas una versión de t3ch alguna vez, no tendrás los codecs de video del mplayer.
En cuanto a lo que actualizo por ftp, pues hombre, es cuestión de fijarse en las fechas de los archivos (no de las carpetas) para ver lo que han actualizado. Normalmente sólo alguna cosa en la carpeta system y el default.xbe