Conseguido! Efectivamente era tal como decías. Por si le sirve a alguien:
1. Con Jungleflasher tuve que volver a poner el firmware original del lector. Para ello necesité el activate.iso de la web de Jungleflasher. Como la web no existe, utilicé web.archive.org para poder descargar el fichero. Una vez grabé el activate.iso en un DVD de doble capa, lo metí en la consola, y Jungleflasher fue capaz de poner el lector en vendor mode y flashearlo.
2. Actualicé la consola al último dashboard.
3. Volví a flashear el lector utilizando lt-sammy-v2.01.bin esta vez y la clave original del lector.
Lo realmente complicado fue hacer que Jungleflasher pusiera en vendor mode el lector para poder flashearlo, y la clave fue utilizar el activate.iso. Los trucos de cortar la corriente del lector mientras está abriendo/cerrando la bandeja no me funcionaron.
Gracias de nuevo por la ayuda!