Hay muchas maneras de salir del entuerto.
Por eso mis preguntas eran tan directas
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Te comento, si usas repositorios, cuando te salen actualizaciones estan se actualizan desde ellos todas. Si instalas de fuera de repositorios (bajandotelo por tu cuenta) sino esta en repositorios este no se actualizara... y eso es lo que te ha pasado, se te ha actualizado seguramente las X (servidor grafico) pero no los drivers graficos (con lo cual tienes problemas).
Si no puedes usar el entorno grafico o no te apañas con comandos (normalmente con Ctrl+Alt+F2, loguearte y un sudo apt-get remove nombredepaquete y luego un sudo apt-get update y sudo apt-get upgrade basta) puedes usar el modo single, que encontraras en el modo recovery al arrancar el sistema pudiendo alli usar el centro de software, synantic, etc.
Actualmente creo que el centro de software de Ubuntu se encarga de sugerir los drivers privativos, anteriormente era otro programa aparte. Ello lo que hará sera descargartelo y actualizartelo como un repositorio mas para que no tengas estos problemas.
En GNU/Linux muy rara vez necesitas descargar de una web externa por tu cuenta pues todo va siendo añadido a repositorios para mayor facilidad y disfrute para todos.