Si has creado la EmuNAND después de instalar el Atmosphère, te puedes comer el baneo, especialmente como hayas instalado algo en él. Tenías que haberla creado con Hekate antes de instalar el Atmosphère.
Pero tranqui, que eso tiene solución: borras la EmuNAND, usas el Haku33 para limpiar la NAND física de la consola, creas una EmuNAND con Hekate y a partir de ahí instalar tu CFW preferido (en tu caso, Atmosphère).
Únicamente así tendrás un Original o Stock Firmware completamente limpio y seguro frente a baneo.