Estaría bien que tuvieras una paridera dentro del acuario, si no es muy pequeño. Si los metes en un recipiente aparte, además de tener que cambiar el agua todos los días, se te pueden morir si hay cambios de temperatura bruscos, y además no tendrían los "bichitos" que tiene el agua del acuario que provienen de la comida, caquillas y esas cosas...
Mi guppy parió 14 pezqueñines y sólo me quedan 4. Al principio los tenía en una pecera aparte pero cuando me quedaron 5 decidí poner la paridera dentro del acuario, pero uno se escapó y me quedan sólo 4...
Suerte!