Es totalmente indiferente. Contraproducente tampoco diría porque por un lado añades unos pocos centímetros de cable que supone algo más de resistencia y caída de tensión (esto sí es malo) pero si está bien hecho a cambio la conexión eléctrica puede ser ligerísimamente mejor, y en la placa base se reparte mejor por los planos de 12V y masa porque hay el doble de puntos de contacto. Los dos efectos son mínimos así que lo comido por lo servido.
Piensa que una cadena es tan fuerte como su eslabón más débil. Que en este caso es el conector ATX de 4 pines. Pongas el adaptador que pongas si no se elimina ese cuello de botella el resultado es el mismo.
Yo probablemente dejaría el adaptador si te da igual, para que no queden la mitad de los pines del conector de la placa base al aire, más expuestos al óxido. Es una razón con bastante poco peso igualmente, la verdad.
