Bueno, como ha pasado un tiempo y nadie parece saber qué sucede, me respondo a mí mismo con lo que he averiguado.
Si arranco una rom con el adaptador Y un mando USB conectados a la vez, la rom sólo funciona con el mando USB. Para que funcione el adaptador después de configurarlo, hay que asegurarse de que ningún otro mando está conectado por usb a la Pi (aunque no importa si hay un segundo mando conectado al adaptador). En este caso, sí funciona, y además bastante bien. Excepto en el menú de elegir los Herzios (RGB-Pi), donde cualquier botón que pulse, incluída la cruceta, hace las veces de start. A partir de ahí, funciona como debe.
He probado cuatro tipos de mandos: Master System II, MegaDrive 3 botones, Mega drive 6 botones y Arcade Power Stick de 3 botones.
En el emulador de Master System es genial, porque puedes jugar con el mando original en el puerto 2 del adaptador y tener el mando de 6 botones en el puerto 1, también activo, de manera que si necesitas la pausa puedes pulsar Start en el mando 1.
En emuladores de Mega drive, Sega CD y Génesis esto no funciona, de modo que no puedes conectar el mando de 3 botones y acceder al menú de retroarch en el segundo mando, a no ser que cambies el mando en el puerto 1 solo para este menester.
¿Hay algún modo de conseguir que dos mandos o más estén operativos al mismo tiempo en juegos de un jugador? A lo mejor así también solucionaría el engorro de tener que desconectar el mando usb cada vez.
En juegos como SFII´ de Mega, me reconoce el mando de 6 botones como uno de 3 y no veo manera de cambiarlo.
Finalmente, cuando configuro el mando de 3 botones solo, se queda atascada la configuración cuando intento saltarme la elección de "select".