Nintendo tiene que pagar una licencia a Adobe si quiere poner Flash en el navegador de 3DS, y dudo mucho que lo haga. Antes que eso veo más probable un acuerdo con Google (Youtube) para crear una aplicación propia que permita ver vídeos.
Además, las últimas versiones de Flash son un horror en cuanto a consumo de recursos, no tengo claro que en la 3DS pueda funcionar sin problemas.