Para mí el juego que mejor ha representado eso es Metroid Prime 2: Echoes. Una pasada el desdoblamiento dimensional entre Éter y Éter Oscuro, y cómo se aplica esto a las mecánicas jugables otorgando una gran complejidad a los puzzles y al avance por el mapeado, aumentando considerablemente la dificutad y creando una ambientación verdaderamente opresiva.
Juegos que recurren mucho a eso son casi todos los Zeldas: A Link to the Past, Ocarina of Time, Majora's Mask, Twilight Princess, A Link Between Worlds, etc.
Y, por supuesto, mención especial para los anillacos gigantes de los Sonics 2D, que te llevan a la dimensión de la fase especial para conseguir las Esmeraldas del Caos.
Como caso curioso, un shmup mítico de arcade y Saturn, Gekirindan: Time Travel Shooting, donde cada fase transcurre en una época diferente, pasando de unas a otras a través de viajes en el time.