Para GBA tienes el ChessMaster. Y uno de Dexter's Lab, pero no sé cómo será.
Para NDS, creo que no hay un juego exclusivamente de ajedrez. Puedes probar la versión de 42 Juegos de Siempre, que no sé qué tal estará, pero es el único juego que recuerdo que incluyera ajedrez. También puedes probar con alguna aplicación homebrew, que fijo que hay.
Saludos.