No, no se asocian a la cuenta, sino a la consola como bien argumentó pantxo. Lo que si se mantiene es la cuenta para futuras consolas, cosa que antaño, antes de aparecer el NID no sucedía, pero ahora si. Esto lo podemos extrapolar a 3DS. Por eso es recomendable no comprar nada digital en las consolas de Nintendo, a no ser que sean baratitas, que ya de por si fastidia mucho perderlo...
Me temo que es una asignatura pendiente la de Nintendo.