Voy a intentar explicarlo un poco mejor.
Cuando se parchea un juego de NDS con el Game Manager, hay 4 métodos de parcheo: 1xDMA, 4XDMA, Normal y Safe. Pues bien, el Normal no funciona en el Pro porque utiliza la memoria de GBA.
Son muy pocos los juegos que usan este sistema, y normalmente es una solución temporal hasta la siguiente actualización del GameManager que lo corrigen. Por ejemplo, el 42 juegos de siempre, la parte de Wifi sólo funcionaba usando el modo Normal, hasta que ha salido el Manager 30 que ya lo ha arreglado para que funcione en modo DMA.
Para hacerte una idea de que juegos son, date una vuelta por la lista de compatibilidad del Wiki
http://m3wiki.com/index.php?title=M3_NDS_roms , como por ejemplo el 677 (Magic Taizen). Ya te digo que son contados los que lo necesitan y normalmente hasta la siguiente revisión de parcheador.
Y sobre el tema del precio, si que la diferencia es la memoria. Date cuenta que tiene que ser una ram muy rápida y que por tanto también es cara. Supercard por ejemplo monta memoria más lenta y de ahí su menor precio aunque a costa de perder mucha compatibilidad con juegos de GBA y que muchos de ellos sufran ralentizaciones.