Como dice el compañero, aun asi, el tema de fragmentacion que yo sepa importa en discos duros mecanicos donde el disco ha de mover los cabezales para ir a buscar la informacion (por lo tanto entre que mueve el cabezal y lo posiciona tarda un tiempo y de ahi que se diga que desfragmentar acelera el tiempo de apertura de archivos y rendimiento del sistema).
En pendrives usb (memorias flash) no existen tales cabezales, todo es electronico, por lo que es indiferente que este desfragmentado o no, ya que tarda lo mismo accediendo a una posicion cercana o otra.