Linux usa un sistema de archivos diferente a windows, llamado ext3 (o reiser o el q tu elijas) y para poder instalarlo se debe volver a crear el sistema, quitando el vfat de windows, así q antes de nada mejor haz particiones en el disco donde quieras poner Linux para dedicarselas por completo y dejar otra para almacenamiento, por ejemplo, para los mp3, descargas de internet, fotos, videos.....