Te comento un problema que tube yo con mis backups en formato .wup , me volvia loco y al final lo solucioné.
Yo utilizaba wup installer gx , encendia mi wiiu cargaba haxchi para entrar en homebrewlauncher y cargaba wupinstaller , el 90% de juegos fallaban dejando archivos corruptos en el disco duro.
Y daba igual si los juegos eran EUR de la misma región que no deberían dar problemas con el firmware original, fallaban también.
El truco estaba en cuando cargaba Haxchi dejar pulsado la B mientras lo abria cargando así el Custom firmware de haxchi, una vez con el Custom firmware ya habría el Wupinstaller y me lo instalaba todo sin problemas.
Una vez instalado si el juego es EUR y de WIIU ( me refiero no es ni de la store ni de snes , n64 etc ) lo puedes cargar sin ejecutar el custom firmware y funciona bien.
Un saludo espero haber sido de ayuda.