Hola, puede ser por la Bios de Master System, no tengo idea de como funcionan los Everdrive, pero me refiero a que si está entrando en juego un archivo Bios almacenado en el cartucho, supongo será la Bios que pertenece a USA/Europa, en ese supuesto tendrías que conseguir la Bios Japonesa de Master System (Mark III), ahora se tendría que Googlear por "Japanese BIOS v2.1 (1987)" y "Mark III Bios".
A ver si alguien que conozca mejor el tema te puede guiar. En mi caso siempre he jugado AKMW en Master System, practicamente nunca en emuladores, y las pocas veces que lo hice no recuerdo un cambio del orden de los botones.
Saludos