Copia el .bin y el .cue en la carpeta del emulador. Edita el .cue y, en la primera línea, entre las comillas, borra la ruta que te aparezca y escribe el nombre de la imagen. Por ejemplo:
"C:\Saturn\SonicR.bin" ---> "SonicR.bin"
Una vez hecho esto, ejecuta desde la línea de comandos la sintáxis: gentoc -b SonicR.cue.
Así lo hice yo y no tuve ningún problema para emularlo.