Si físicamente la puedes alojar, no hay ningún problema en el cambio. Como dices el voltaje es el mismo, y de hecho tendrá algo menos de caída por la mayor capacidad, que suele ser algo positivo.
El número de modelo de las baterías de hecho es solo relativo al tamaño. Los primeros dos números son el diametro en milímetros, y los otros dos el grosor, en décimas de mm. La química (lo que determina el voltaje) es la misma.
2032 - 20mm de diametro, 3,2mm de grosor
1616 - 16mm de diametro, 1,6mm de grosor
Yo de hecho en el mando del coche uso 2025 en lugar de 2016 que debería llevar solamente comiendo un poquitín del plástico. Así, en vez de cambiarlas una vez al año como antes me dura bastante más.
Saludos