En mi caso, yo uso disco duro externo, donde ayer puse 2 Backups, Assassins Creed y MGS4 Guns of Patriot, tras mirar el disco duro desde el PC, veo lo siguiente:
Sistema de archivos FAT32, eso es fundamental, y dentro solo hay una carpeta unicamente "GAMEZ", dentro de esa carpeta hay 2 carpetas, que corresponden a los backups depositados ahi, y con los nombres BLES00xxx, varian los números de las xxx al variar el juego, y ahi mismo es donde pienso ir poniendo las siguientes carpetas que me vaya bajando, junto a estas 2.
Del disco duro interno yo no tocaria ahi, porque hay archivos del sistema y por ahi es por donde puede petar la maquina, o al menos el disco. NO veo muy sano manipular el disco interno.
Saludos y buenos backups.