este en particular no lo he hecho pero es parecido al de snes,tienes que arrastrar los archivos del zip la pgen en el orden que te diga,y despues crear la carpeta del roms y volcar en ellas tus archivos.
No se si sera el caso pero en la primera version del snes si no tenias mas de 20 roms no funcionaba,si te sigue fallando puede que sea algun bug similar.