Yo plantearia otro negocio no relacionado con la informatica (imagina cuantas tiendas de informatica ha visto el profesor). La organizacion es parecida.
Necesitas, en cualquier tienda, un programa de caja, un control de stock (precio, margen y caducidades si es el caso) y otro para realizar los pedidos. Tambien debe tener otra parte para gestionar la propia base de datos (p.e. un producto que baja o sube de precio, pero todos los demas campos permanecen)
Creo que la mejor opcion es, tal y como ya has planteado, una base de datos en mySQL y manejarla desde un programa en php. En php tambien puedes poner un "frontend". Es decir, el programa de caja es un navegador.
Trabajo en una farmacia y eso es todo lo que necesitamos para el dia a dia. Te puedes complicar sacando estadisticas de ventas, perdidas y rotos .... lo que quieras, pero no es esencial.
De hecho existen servicios que "alquilan" este tipo de planteamientos, como anfix.
