Si metes dos discos duros en un mismo canal ide, por mucho que sea raid no creo que se pueda comparar a tener cada disco duro por separado en un canal IDE y entonces ponerlos en raid, ya que por el cable plano la redundancia de acceder a los dos discos duros al mismo tiempo, pierde prestaciones.
Diferente seria tener dos discos duros SATA y cada uno conectado en raid, se nota la diferencia muchisimo... vale tambien cuenta que son SATA pero a lo que voy es a tener los discos por canales separados.