Buenas Marvicdigital... lo primero felicitarte y darte las gracias por tu trabajo con las pstwo, te debemos mucho... Animo!.
Con respecto a tu problema... para empezar... el windows una vez copiados los primeros archivos desde el cd juraria que ya se arranca desde el disco duro, y sigue su instalacion desde ahi... El problema está en que el LILO (el menu creado por linux para escojer el sistema operativo al iniciar) interrumpe el proceso del windows.
Lo curioso del tema... es ke por el contrario a mi cuando intento instalar un windows en una makina en la ke ya tengo Linux, me borra el LILO por lo que no me interrumpe el proceso, y para poder volver a arrankar el linux, pues lo arranco desde un cd, y despues ejecuto el lilo.
Mi idea para tu caso seria borrar el master boot record, haciendo un fdisk /mbr, lo cual borraria el Lilo (menu del arranke), y ahora haria la instalacion del windows... y una vez tengas el windows funcionando, hacer lo que comentaba antes en mi caso para poder arrankar todos los sistemas operativos.
SUERTE!
