Ya queda mas claro así como explicaste.
Como no dices como se llama ese programa que estas buscando, puedes usar el TrueAncestor SELF Resigner v1.98 para refirmar el eboot.bin para que funcione en los CFW 4.xx, si necesitas desempaquetar el pkg, puedes usar el TrueAncestor PKG Repacker v2.20 y con este mismo crear de nuevo el pkg.
P.D. No te dejo enlaces porque es muy sencillo encontrarlos.
Saludos.