APE es un formato de audio, como el flac creo, sin compresion, en todo caso, tendrias q trasformarlas en wav y editar el cue
PowerISO 4 puede grabar imagenes con APE creo, asi q te ahorras el proceso
Tengo instalado en el PC de mi casa, una aplicacion, que al darle boton detecho a una carpeta, convierte todo el contenido del cue, o sea el bin y los ape, a un cue/bin/wav directamente
No recuerdo el nombre xq no estoy en mi casa ahora, googlea un poco y saldra