Antiguamente había una utilidad (el PPFPatcher o algo asi se llamaba) que permitía (además de aplicar el parche) quitar el parche pero solo si tenias el parche separado del archivo.
Antes de que os echéis encima mio por el tema de la piratería: Estoy hablando de parches que generaba uno mismo a partir de su backup con las diferencias en la ISO al pasarlo de NTSC a PAL. En esas ISOS si que le podrías quitar el parche volviendo a generarlo.
Pero en las intros con selector PAL-NTSC creo que no te funcionaria, aunque podrías probarlo a ver que pasa si tienes la ISO original sin parchear (y probablemente en modo NTSC la ISO original).
La utilidad de la que hablo es de Paradox también, solo que no recuerdo el nombre correcto