pues yo lo hago asi :
copio el archivo nds sin parchear en mi sc(dependiendo de tu cacharro sera el nds o el gba supongo)
ejecuto el ds2key en el pc
cierro la ventanita y se me queda el icono del programa en la barra abajo a la derecha donde el icono del msn
ejecuto el programa en la ds
le doy a Connect to an AP
Use Nintendo WFC Data
DS2KEY
aqui eliges el puerto, fijate en la ventanita del programa en el pc y en el puerto que te pone en la ds, tiene que ser el mismo, claro, si no cambia que no creo, es el 9501, dale a accept
ahora tienes que elegir profile, yo aqui le doy a accept directamente sin elegir nada
ahora te saldra una ventana con varias opciones en la parte de abajo a la derecha de la pantalla, dale a edit
ahora arriba donde sale la ip fijate que este puesta la misma de tu pc, que sea la del pc, la de la ds no, y dale a accept
y ya esta
si lo has hecho bien, fijate que en donde escribes al tocar los botones de la ds saldra numeros y letras en el pc