siempre te puedes hacer un par de ficheros del tipo 'tail' y 'addhead' que te solucionen la papeleta. si son archivos de texto sera bastante sencillo.
para unix, extraer la ultima linea de un fichero se usa 'tail', y para añadir una linea al principio de otro, teoricamente se crea un archivo nuevo, se pone la linea al principio y luego se copia el resto del archivo sobre el.
para windows te advierto que va a ser dificil, porque windows ni dos te ofrecen nativamente el sacar 'la ultima linea de texto' de un archivo. sin embargo, en windows con 'echo' puedes mas o menos imitar el comportamiento del comando 'cat' en linux...