Es poco probable, aunque recuerdo que con una versión CDRip de Racing Evoluzione pasaba invariablemente algo similar: cuando reseteabas la consola después de haber jugado, no detectaba el chip, tenías que volver a colocarlo/flashearlo (no recuerdo bien). Inexplicable e ilógico, pero le pasó a mucha gente.
De todas formas, si tienes un chip, dudo que se pueda desprogramar por las buenas, ya que mientras está en funcionamiento suele estar protegido contra escritura por hard.
Otra cosa es lo que pueda hacer en el dashboard y demás, aunque que yo sepa, ningún juego hace nada de eso, ya que al fin y al cabo, las protecciones se las salta el modchip y esas medidas no irían a ningún sitio.
P.D.: por supuesto, me pongo en el supuesto de que tienes la consola chipeada, si no es así, haz caso a disturbed.