Pues a mi no me da ningun tipo de problema las conexiones entre NDS tanto yo con mi novia con cada uno el juego en la tarjeta, como descarga DS desde su symply, como descarga DS desde mi Real.
Quizás sea algo de las roms.
¿Estan trimeadas?
¿Si te la bajastes del emule te bajastes la que menos ocupaba?
Si no tienes las ultimas versiones del system quizas sea hora de tenerlas (ojo con las del real que los formatos de partidas guardadas son distintas asique haz backups).
Saludos