Algun programa de edición de video que haga esto??

El video tendrás que recomprimirlo si o si (es cosa tuya elegir un codec de video de calidad y configurarlo), sobre programas a usar Avidemux mismo te puede hacer el apaño, tiene filtros para video y tiene "crop" que es para cortar y otros que son para añadir bordes negros o tapar como borde negro, es gratuito el programa y lee y escribe en muchos formatos de video sin necesidad de codecs en Windows. (tiene los suyos internos)

Mediacoder tambien es una opcion viable, ya con el video en el programa vas a la pestaña PICTURE/IMAGEN, boton CROPPER, en la nueva ventana puedes elegir varias opciones para cortar:

* Auto Detect.. Autodetectar brodes
* Keep Aspect Ratio.. Mantener Relacion de Aspecto
* Free Cropping.. Corte Libre

En Free Cropping tu puedes marcar libremenmte la zona que quieres recortar. Cuando pongas en las 'orillas' de la imagen del video el cursor del raton, veras que aparecen unas 'flechas negras' o 'tiradores', los cuales arrastraras para hacer el corte, si es necesario, lleva el cursor del raton al centro de la imagen y veras que aparece 'una mano', despues manten pulsado el boton del raton para arrastar la imagen y acomodarla aun mejor al corte que has realizado,y pulsa el boton DONE. Ahora al codificar, mediacoder hara el corte a esa seccion.

Perfecto!! muchas gracias a los dos.