Avidemux también está para Windows.
Pero para lo que quieres tienes que trabajar con el audio y video separados. Porque si no los separas y recortas 3 minutos de video, recortas 3 minutos de audio... Tienes que separarlos, cortar los 3 minutos de video y unir ambas en un nuevo MKV.
El Virtualdub ya es mejor olvidarlo, es un proyecto muerto que vive de 4 parches que le da algunas funcionalidades incompletas.