Si te ocupa tanto es porque estas recomprimiendo el video, posiblemente con algun codec lossless o incluso sin comprimir. El problema es que al aplicar el filtro es muy posible que te exiga recomprimir, con lo que perderas calidad. Si no es un problema adelante, si no, yo te recomendaria que buscaras por el programa de reproducción o en la conf del ffdshow. Es posible que te deje girar la imagen, el mplayer creo que tiene algo así. (-flip? -rotate? no macuerdo)
Saludos