No hay forma de evitar el uso del WiiMote ya que, como bien dices, el menú de la consola exige su uso aunque luego cambies la configuración al mando de GameCube en los juegos que lo soporten.
En cuanto al mando WiiClassic, recuerda que va conectado al WiiMote en lugar de ir directamente a la consola, con lo que tampoco solucionas demasiado.
Date cuenta que, en realidad, la baza fuerte de Wii fue precisamente la innovación en sus mandos, aunque a muchos usuarios no nos acabe de convencer el asunto.