En principio no tiene nada que ver con el kernel, en todo caso seria mas bien con el gestor de arranque que uses (lilo, grub).
Que distro probaste? normalmente en la instalacion ya te generan ellas solitas la entrada para arrancar windows, aunque algunas live instalables fallan en ocasiones y no generan dicha entrada, o la generan mal.
Que te instalen el 2.6, creo que ya todas, aunque debian tienes que especificarselo, si no, te instala el 2.4.
Saludos ^^