Bien, ya he comprobado dónde está el fallo. En el VBA tampoco puedo cargar las partidas sacadas con el eepinator (bueno, simplemente empieza la partida como si no tuviera nada grabado). Por lo tanto debe ser que las partidas no están bien dumpeadas.
La otra parte del proceso ya la he probado con un save que tenía directo del VBA y lo he convertido con éxito al formato del M3R. Carga perfectamente.
Ahora lo único que quedaría por resolver es la forma para dumpear bien los saves con el eepinator.
Creo que hago los pasos correctos, no obstante, aquí el proceso que sigo:
1.- Una vez colocado el juego de GBA enciendo y abro el eepinator.
2.- Selecciono "GBA SRAM ---> FAT".
3.- Pulso start y dice:
fatInit: 1
deviceType: M3DS
Writting...
/______-08blablabla.sav
DONE
4.- Meto la tarjeta en el PC y la copio a la carpeta donde tengo la rom, renombrándola para que save y rom coincidan.
5.- Compruebo con el VBA si está bien dumpeado.
Por cierto, se sabe si se han conseguido dumpear bien los saves con el eepinator?A ver si nos vamos a estar rompiendo las bolas para nada.
Gracias de nuevo ^^
EDIT:
Al final he investigado más y he conseguido sacar las partidas con el cart_save, homebrew para Slot-2 (Se supone que está hecho para el G6, pero yo lo he hecho con el M3 Lite). Ya funcionan correctamente.
Si alguien estuviera interesado, puede descargarlo de aquí:
cart_save
Con ejecutarlo en modo gba es suficiente, el resto de pasos vienen bien explicados una vez lo ejecutas.