A ver...
El flashme, te cambia el firmware de la consola, hasta ahí bien. PERO, necesita intervención del usuario, haciendo puente en una zona de la placa con algo de metal. La parte que te modifica el flashme es la adecuada para poder iniciar en modo DS desde el Slot-2, por lo que te permite ejecutar codigo DS sin un flashcart Slot-1.
El programita que hizo darkfader, lo que hacía era acceder a otra parte del firmware de la consola, que era totalmente accesible sin que tuviera que intervenir el usuario. Lo que hacía era sobreescribir esa parte.
Luego la parte del firmware a la que accedía darkfader no era la misma que a la que accedía el flashme, por lo que la parte a la que accedía el flashme, era la parte para saltarse la protección de las copias de seguridad, y la de darkfader, era para joder la consola xD
Si quieres hacer un flashme tu solo, apréndete la arquitectura de la NDS y programa a bajo nivel con ensamblador.
Salu2!