Hola, yo creo que teniendo todo lo que tienes, si te funciona bien, lo mejor es no tocarla. Hay gente que por subir de versiones de CIOS ha tenido que volver a bajar porque no le iba tan bien con lo nuevo. Si puedes cargar todos tus backups y no tienes necesidad pues...
Lo de las compatibilidades, pues creo que si son compatibles todas las cosas que mencionas, salvo softmii (esta no lo se). En lugar de preloader, creo que anda por ahi Starpatch (o algo asi) en el foro de Scene. Este comentaba algun usuario que era mas seguro que preloader.
Yo tengo la 4.0 de Waninkoko+HBC+Rev10(creo que es este, el que salio primero para el USB loader)+USBloader-1.1+D2CKey y de momento, como todo me funciona bien pues no me urge tocar cosas, no vaya a ser que luego no me vayan.
Un saludo.