Tengo entendido que con la transferencia se hace una copia exacta de todo lo que tenías en la 3DS, incluidas las monedas, contactos, etc. Pero si en esa otra 3DS tienes, como dices, un juego preinstalado, por ej., pues no se sí se borraría.
En cuanto a lo de ampliar la tarjeta, es tan sencillo como copiar todo el contenido de la tarjeta al pc y luego a la nueva tarjeta (el juego preinstalado si está en la SD igualmente se copiaría en ese caso),
un saludo.